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大家所熟知的「最低稅負」，其實是「所得基本稅額」的俗稱，法律名稱是「所得基本稅額條例」。這個條例是台灣近3、40年來，立法院唯一通過的增稅法案；而它之所以會通過，當然是因為當時的社會氣氛所致，才得以順利通過。不料，國際情勢變化快速，本來是針對特定富人課稅的政策，卻因而影響擴大範圍，恐怕是始料未及。
早在林全擔任財政部長時，就發覺過去國內因為鼓勵企業投資，不斷以租稅減免為誘因，以致稅基大量流失。他在2005年年初的一個場合中曾說，在產業升級條例下，2003年度的稅收損失高達549億元，其中投資抵減（多為科技產業）部分，就損失400多億元。同時，也因為抵減項目愈來愈多，範圍愈來愈廣，連一些相當成熟的技術──如當時的數位相機──卻仍在享受投資抵減，等於是把投資抵減當成普遍性獎勵；而這些科技業者，因為沒有租稅負擔，獲利自然大幅增加。
由於列在投資抵減的項目中，多屬科技業的技術或製程創新，相對的，傳統產業就比較難獲得投資抵減政策的照顧。就在此時，科技大廠接連好幾年的尾牙大秀，都大肆舖張、獎金動輒千萬元，並且邀請當紅歌星的助興，將科技業的榮景推上最高點，科技老闆和員工，個個笑呵呵！
然而，坐在電視機前看著電視現場轉播的傳統產業老闆，和其他行業的員工，卻是心中很不平衡：平平是在打拚，為何差那麼多？
就這樣，民間開始慢慢醞釀出一股氣氛：原來科技大廠賺大錢，是建立在不公平的租稅政策上；科技業透過租稅減免政策，賺大錢的廠商不僅不必繳稅，還可以獲得退稅，實在令人心生不平！
於是，相關業者不斷向政府反應，當時的行政院長謝長廷也感受到壓力，因此公開表示，為了兼顧社會公平正義，有修法的必要，首先要對享有租稅減免的大企業，採取最低稅負制。其實，在此之前，財政部已經在構思推動最低稅負制，希望享有租稅減免而未繳稅的企業，多少繳一點稅；因此，在院長的支持下，財政部就加快腳步、研究推動。
接著在2005年6月，為了凝聚社會各界對稅制改革的共識，林全部長更透露了多年來不為人知的租稅祕辛。林全說，根據財政部的統計，個人所得居全國前40大富豪的總所得約270億元，但其透過捐贈方式累積的扣抵稅額就達180億元，造成國庫短收至少70多億元。這40名富豪中，排名最後的所得最少3億元起跳，其中15個人的繳稅金額占其總所得不到1％，另外有8個人「一毛錢稅都沒繳」，顯示現有租稅制度無法防堵富豪規避納稅，也更證明政府推行的有錢人多少繳一點稅的最低稅負制，確有必要性和急迫性。
林全雖未指明8個人是誰，也沒說2003年之前的情況；不過，林全的話一出，全國議論紛紛，並且推估2003年以前的情況也是如此。這下子，老百姓的心裡的不平，可想而知，正可謂「是可忍，孰不可忍」。至此，最低稅負制度原來根本不在財政改革委員會的短中長期的任何方案中，卻因林全的有心推動下，很快在朝野間獲得共識；同時，原來僅以大企業為對象，最後卻擴大範圍到個人。
不過為了減少立法阻力，林全在推出「最低稅負制草案」時，特別強調因為個人有600萬元的免稅額、營利事業有200萬元的免稅額，因此，全國綜所稅申報戶有500多萬戶，個人最低稅負制的對象不會超過1萬戶；而在全國企業繳納營所稅總家數約有63萬多家中，也僅有1萬家會被納入最低稅負制。這些說法，就是希望大眾了解：「受到最低稅負制影響的人很少。」以免引發擾民的爭議。就這樣，在兼顧稅制的公平正義、又不擾民的大前提下，果然立法院在2005年底，就順利通過最低稅負法案，並自2006年元旦起實施。
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